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【PNAS】自由基SAM酶SuiB的催化循環(huán)中捕獲交聯(lián)賴氨酸-色氨酸自由基
57萬余個自由基S-腺苷甲硫氨酸(rSAM)酶超家族成員中,超過四分之一的酶具有C末端延伸,稱為SPASMtwitch結(jié)構(gòu)域,用于結(jié)合輔助Fe-S簇。SPASM rSAMSuiB參與人和哺乳動物微生物群鏈球菌核糖體肽天然產(chǎn)物的生物合成。在此前的研究中,已對SPASM rSAMSuiB進行了功能和結(jié)構(gòu)表征,SuiB催化其底物肽SuiA,在Lys2Trp6的側(cè)鏈之間形成不尋常的碳-碳鍵。先前關(guān)于SuiB的研究表明,LysTrp偶聯(lián)是通過自由基親電芳香取代(rEAS)形成的,其中一個輔助[4Fe-4S]簇(AuxI)結(jié)合在SuiBSPASM結(jié)構(gòu)域中,在轉(zhuǎn)換過程中進行氧化反應。盡管165000多種rSAM酶中普遍存在輔助簇,但尚未有報道研究其催化作用的直接證據(jù)。

圖片來源:PNAS

 

近期,University of California, DavisR. David Britt組和Princeton University Mohammad R. Seyedsayamdost組合作,使用電子順磁共振光譜(EPR)解析SuiB的催化機制。該研究揭示了AuxI簇的底物依賴性氧化還原電位調(diào)節(jié),將其限制在氧化狀態(tài)[4Fe-4S]2+,該狀態(tài)在催化中是活躍狀態(tài)。

隨后,該研究進一步對偶聯(lián)Lys–Trp自由基(Lys–Trp?)以及有機金屬Ω中間體捕獲表征,這種從未報道的Lys–Trp自由基為推測的rEAS機制提供了有力的支持。

圖片來源:PNAS

 

最后,通過EPR光譜觀察氧化還原調(diào)諧的[4Fe-4S]2+AuxI簇對LysTrp?中間體進行氧化。總之,該發(fā)現(xiàn)為SPASM結(jié)構(gòu)域輔助簇的作用提供了直接證據(jù),并鞏固了rEAS作為rSAM酶催化碳-碳鍵形成反應的機制范例。

圖片來源:PNAS

 

參考文獻:Trapping a cross-linked lysine–tryptophan radical in the catalytic cycle of the radical SAM enzyme SuiB

PNAS 2021 Vol. 118 No. 21 e2101571118

原文作者:Aidin R. Balo, Alessio Caruso, Lizhi Tao, Dean J. Tantillo, Mohammad R. Seyedsayamdost, and R. David Britta


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