G-四鏈體(G4)是一種普遍存在鳥嘌呤富集的DNA中的特殊二級結(jié)構(gòu)??焖儆行У谋孀RG4 結(jié)構(gòu)對于理解它在基因表達以及生命過程中的影響具有重要的作用。然而,現(xiàn)有檢測方法都只局限于識別G-四鏈體核酸(G4-DNA)的一級結(jié)構(gòu)或者二級結(jié)構(gòu)。例如,DNA測序?qū)嵱糜诜治鯠NA的一級結(jié)構(gòu);核磁技術或者圓二色光譜可以用于解析特殊DNA的二級結(jié)構(gòu)。沒有確定的技術可以同時兼顧G4-DNA的序列結(jié)構(gòu)和折疊結(jié)構(gòu)的檢測。
近日,美國伊利諾伊大學陸藝教授與中國科學技術大學梁好均教授合作,通過設計DNA在編碼金納米粒子生長中的作用實現(xiàn)了G4-DNA的識別與區(qū)分。將具有特定結(jié)構(gòu)的G4-DNA與金納米棒混合后再依次加入還原劑羥胺以及氯金酸,最終將得到不同的納米粒子結(jié)構(gòu)。因為金納米粒子的形貌大小決定了它們特殊的紫外可見吸收光譜,通過常用的紫外可見分光光度計即可實現(xiàn)G4-DNA的結(jié)構(gòu)區(qū)分。例如,不同的G4層數(shù),在紫外可見吸收譜中的縱向表面等離子體吸收峰不同。G4堆疊的層數(shù)越少,最終產(chǎn)物的吸收峰紅移更加明顯。

除了能區(qū)分G4堆疊層數(shù)不同,作者進一步探索該方法在辨識G4-DNA構(gòu)象上的應用。平行與反平行作為兩種典型的G4-DNA二級結(jié)構(gòu)是主要研究對象。首先利用不同金屬離子來穩(wěn)定DNA的結(jié)構(gòu),不同構(gòu)象的DNA會控制合成不同納米粒子同時帶來吸收譜的變化。紅移程度越明顯的吸收譜對應的是平行結(jié)構(gòu)G4-DNA,而反平行結(jié)構(gòu)DNA參與的體系紅移相對更弱;如果同時處于反平行構(gòu)象條件下,構(gòu)象越穩(wěn)定,吸收峰藍移越明顯。

末端堿基對于G-四鏈體的結(jié)構(gòu)與功能也息息相關,該方法成功應用到G4-DNA的末端堿基(一級結(jié)構(gòu))識別。特別是對于人類端粒衍生的兩種的G4-DNA的區(qū)分更加充分證實了該方法在G4領域研究的重要性以及普適性。

論文信息
Identifying and Differentiating Topological G-Quadruplex Structures with DNA-Encoded Plasmonic Gold Nanoparticles
Dr. Tingjie Song,Dr. Xiaojing Wang,Dr. Dongbao Yao,Prof. Haojun Liang,Prof. Yi Lu
Angewandte Chemie International Edition
DOI: 10.1002/anie.202204201