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Cell Chem. Biol.|GPX4的小分子變構(gòu)抑制劑

分享一篇發(fā)表在Cell chemical biology的文章Small-molecule allosteric inhibitors of GPX4。文章的通訊作者是來自哥倫比亞大學(xué)的Brent R. Stockwell教授,他們組利用化學(xué)工具來研究細(xì)胞死亡的機(jī)制。



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在一些耐藥性轉(zhuǎn)移性癌癥入侵其他器官的過程中,多不飽和脂肪酸PUFA的林芝(PUFA-PLs)水平增加會(huì)提高細(xì)胞膜的流動(dòng)性。PUFA-PL的雙鍵會(huì)發(fā)生過氧化,而細(xì)胞內(nèi)谷胱甘肽過氧化物酶4即GPX4可以減少脂質(zhì)過氧化的發(fā)生。一些小分子如RSL3或ML162可以抑制GPX4,并誘導(dǎo)癌細(xì)胞發(fā)生鐵死亡,但是基于這些抑制劑進(jìn)行開發(fā)藥物仍然具有挑戰(zhàn)性,需要對(duì)結(jié)合抑制的機(jī)制進(jìn)行更深入研究。在本文中,作者構(gòu)建了不同的GPX4突變體來研究小分子RSL3ML162的共價(jià)結(jié)合機(jī)制以及對(duì)GPX4的影響,并據(jù)此尋找了更多可以結(jié)合、抑制GPX4的小分子化合物。



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首先,作者通過GPX4 U46CRLS3、ML162的共晶結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)小分子都可以和GPX4活性位點(diǎn)附近的C66共價(jià)結(jié)合,而過表達(dá)C66S突變的GPX4導(dǎo)致細(xì)胞對(duì)小分子誘導(dǎo)的鐵死亡耐受,說明C66位點(diǎn)對(duì)小分子調(diào)節(jié)GPX4功能的重要性。由于GPX4活性位點(diǎn)附近含有7個(gè)Cys1個(gè)Sec,作者決定將所有這些親電位點(diǎn)突變?yōu)?/span>Ala或者Ser,并逐一將其恢復(fù)為Cys,發(fā)現(xiàn)表達(dá)A66C以及A46U的恢復(fù)體的HT080細(xì)胞在ML162處理后內(nèi)部GPX4的穩(wěn)定性降低、細(xì)胞存活率增加,其中A66C也能在RSL2處理的細(xì)胞上得到相似效果,這說明RSL3ML162在細(xì)胞中能夠特異的和Sec46以及C66共價(jià)結(jié)合。此外,在使用IKE抑制System Xc-誘導(dǎo)G401細(xì)胞發(fā)生鐵死亡的模型中,過表達(dá)A46UA66C恢復(fù)體能夠?qū)⒓?xì)胞死亡水平減少到和過表達(dá)野生型GPX4相似的程度、過表達(dá)A10C則進(jìn)一步加劇死亡,這與此前報(bào)道的GPX4GSH依賴性催化過程需要C10U46、C66共同參與的模型相支持,在低GSH水平的細(xì)胞中C66S-C10S雙突變也導(dǎo)致GPX4的活性明顯減少。


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由于C66在GPX家族中并不保守,作者進(jìn)一步想探究C66周圍區(qū)域?qū)LS3抑制劑結(jié)合的作用。在體外純化的GPX4 U46C突變體上,作者證明了RSL3可以和突變體的C66共價(jià)反應(yīng),這種直接結(jié)合也抑制了GPX4活性。進(jìn)一步的HSQC和NMR結(jié)果顯示,C66周圍的一些氨基酸在RSL3或無活性基團(tuán)的衍生物處理后發(fā)生了變化,共晶結(jié)構(gòu)也顯示了對(duì)應(yīng)的變化,說明C66周圍的區(qū)域是RSL3的變構(gòu)結(jié)合位點(diǎn)?;谶@一發(fā)現(xiàn),作者決定先從ML162的兩個(gè)片段開始尋找其他和這一區(qū)域相互結(jié)合并發(fā)生反應(yīng)的化合物,通過MALDI-MS和晶體結(jié)構(gòu)解析來進(jìn)行驗(yàn)證。從中他們發(fā)現(xiàn)了MAC-5576也能夠和GPX4 U46C C66共價(jià)結(jié)合。此外,還通過了熱穩(wěn)定性分析來篩選了一個(gè)化合物庫,從中發(fā)現(xiàn)LOC1886也能夠和C66共價(jià)結(jié)合,該化合物處理HT1080后也能夠調(diào)節(jié)GPX4的功能、誘導(dǎo)鐵死亡的發(fā)生。


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總之,這篇文章證明RSL3和ML162和GPX4的活性Sec以及C66共價(jià)結(jié)合,同時(shí)也和附近的區(qū)域結(jié)合進(jìn)行變構(gòu)調(diào)節(jié),而對(duì)GPX4 C66附近區(qū)域設(shè)計(jì)結(jié)合抑制劑有助于開發(fā)新的癌癥治療藥物。

本文作者:MYZ
責(zé)任編輯:LDY
原文鏈接:https://www.cell.com/cell-chemical-biology/fulltext/S2451-9456(22)00387-7
文章引用:DOI:10.1016/j.chembiol.2022.11.003




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