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Smart Molecules | 中科院大連化物所李國輝研究員團隊:化學(xué)實驗的全尺度建模

圖片原文鏈接:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/smo.20230010




文章簡介

如今,計算化學(xué)已經(jīng)成為探索化學(xué)實驗中的微觀過程及熱力學(xué)機制的有力工具,例如:分子自組裝、催化反應(yīng)、有機/無機合成。隨著理論方法的發(fā)展及計算機硬件性能的飛躍,針對不同時空尺度下的模擬技術(shù)均得到快速的發(fā)展。如圖1所示,基于量子化學(xué)的密度泛函理論模擬(DFT)和從頭算分子動力學(xué)(AIMD)可以顯示電子尺度上的詳細(xì)信息。這些方法廣泛應(yīng)用于化學(xué)反應(yīng)機理的研究。分子動力學(xué)模擬(MD)擅長提供微觀結(jié)構(gòu)以及熱/動力學(xué)信息,其可在更大的時空尺度下采樣,以便探索分子的結(jié)構(gòu)變化、擴散、吸附及相分離等微觀現(xiàn)象的詳盡機制。動力學(xué)模擬根據(jù)模擬尺度可細(xì)分為全原子動力學(xué)模擬、粗粒度動力學(xué)模擬和介觀模擬。與MD相比,基于統(tǒng)計力學(xué)的蒙特卡羅模擬(MC)可在更大的時空尺度上進(jìn)行采樣,甚至可以解決宏觀尺度的動力學(xué)問題?;诤暧^力學(xué)理論的有限元法(FEM)可以分析宏觀尺度下的力學(xué)性能以及動力學(xué)問題。


1

圖1.不同尺度下的模擬方法總結(jié)示意圖




本文以聚合物與沸石合成為例,介紹了不同的模擬方法在有機/無機合成領(lǐng)域的發(fā)展與應(yīng)用。并指出:無論有機還是無機合成,從反應(yīng)物到產(chǎn)物,這一過程往往涉及原子間的電荷轉(zhuǎn)移,分子內(nèi)的構(gòu)象轉(zhuǎn)變以及分子間的擴散與聚集等多個熱/動力學(xué)過程,使得單一尺度的模擬方法很難描述合成機制的全貌。因此,發(fā)展多尺度建模方法對進(jìn)一步理解化學(xué)合成機制至關(guān)重要。進(jìn)一步,從傳統(tǒng)的洋蔥方法到最前沿的深度學(xué)習(xí)勢函數(shù)方法,本文系統(tǒng)介紹了多尺度建模方法的研究進(jìn)展,并分析了上述方法的優(yōu)勢與不足。通過對以往理論工作的總結(jié),我們可以看到,盡管多尺度建模方法取得了長足的進(jìn)步,但描述化學(xué)合成實驗中從反應(yīng)物到產(chǎn)物的完整過程仍然是極具挑戰(zhàn)的,其中反應(yīng)物的濃度、溶劑作用等一系列因素使合成機制變得異常復(fù)雜。因此,需要進(jìn)一步發(fā)展化學(xué)實驗的多尺度甚至全尺度的建模方法,這對所有的理論計算領(lǐng)域的研究人員都是不小的挑戰(zhàn)。幸運的是,隨著軟硬件的不斷發(fā)展,理論框架的逐漸完善,我們相信構(gòu)建全尺度的模擬平臺是很有可能的。在不久的將來,化學(xué)家借助全尺度的模擬平臺可以大幅度地提高合成效率。


以上內(nèi)容以“Full-scale Modelling of Chemical Experiments”為題發(fā)表于 Smart Molecules 期刊,論文第一作者為遼寧大學(xué)物理學(xué)院講師王俊峰,通訊作者為中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所李國輝研究員。


通訊作者




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