分享一篇發(fā)表在Nature Methods上的文章，文章的題目為“scNanoSeq-CUT&Tag: a single-cell long-read CUT&Tag sequencing method for efficient chromatin modification profiling within individual cells”，通訊作者為來自北京大學(xué)的湯富酬教授，其研究方向是單細(xì)胞功能基因組學(xué)研究。
染色質(zhì)修飾是決定基因組功能的基本表觀遺傳標(biāo)記，但分析重復(fù)元件和復(fù)雜基因組區(qū)域的修飾仍然具有挑戰(zhàn)性?；诖耍髡唛_發(fā)了一種名為 scNanoSeq-CUT&Tag 的新型單細(xì)胞長讀測序技術(shù)，用于高效地分析單細(xì)胞中的組蛋白標(biāo)記和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合分布模式。scNanoSeq-CUT&Tag 是一種基于 CUT&Tag 技術(shù)的改進(jìn)方法，它利用納米孔測序平臺進(jìn)行單細(xì)胞染色質(zhì)修飾的全基因組分析。主要步驟如下：首先將細(xì)胞與針對特定染色質(zhì)修飾的抗體孵育，然后與結(jié)合抗體的Tn5 轉(zhuǎn)座酶孵育，激活標(biāo)記反應(yīng)；隨后將單個(gè)細(xì)胞分選到含有細(xì)胞裂解液的 96 孔板中，并使用獨(dú)特的細(xì)胞條形碼進(jìn)行標(biāo)記；最后進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增，使用不同的條形碼進(jìn)行二次擴(kuò)增，最終構(gòu)建文庫并測序。此技術(shù)與基于 NGS 的方法相比具有更高的信噪比和讀長，能夠更準(zhǔn)確地檢測染色質(zhì)修飾，可以幫助區(qū)分不同細(xì)胞類型。利用長讀長測序的優(yōu)勢，其能夠有效地識別等位基因特異性染色質(zhì)修飾，也可以檢測染色質(zhì)標(biāo)記在鄰近區(qū)域的共占用，為研究染色質(zhì)相互作用提供了更深入的見解。此外，此技術(shù)可以檢測復(fù)雜基因組區(qū)域（包括重復(fù)序列和“黑名單”區(qū)域）的染色質(zhì)狀態(tài)，映射小鼠精原細(xì)胞發(fā)育過程中的表觀遺傳狀態(tài)變化。作者也將其用于檢測 DNA 甲基化處理后人類 K562 細(xì)胞中重復(fù)序列的 H3K27ac 修飾變化，揭示了 DNA 甲基化在維持這些重復(fù)序列沉默中的重要作用。總而言之，scNanoSeq-CUT&Tag 是一種革命性的技術(shù)，為研究單個(gè)細(xì)胞中的染色質(zhì)修飾提供了新的可能性，并有望推動表觀遺傳學(xué)研究的進(jìn)一步發(fā)展。原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41592-024-02453-w原文引用：DOI：10.1038/s41592-024-02453-w
